В 1985 году по окончании ГИТИСа Елена Мольченко была принята в труппу театра имени Маяковского. Там она и познакомилась с будущим мужем Александром Фатюшиным, за которым была замужем вплоть до его смерти в 2003 году. В 2010 году вышла замуж за актёра Игоря Воробьёва.